Уважая бритву Оккама, надо сразу сказать, что СК должны взаимно дополнять друг друга, а не дублировать. Это не обязательно, но желательно. Надо быть реалистами и верить в три зеленых свистка.

Так вот, о нитях (threads)и связывании записей можно сказать, что КС и нити не зависимы друг от друга (разнесены по плоскостям в идеальном случае), хотя и пересекаются. Это, кстати, удобно — записи одной нити могут иметь разные КС и, соответственно, разные спектры группировки на кучки.
Технологически поддержка threads разбивается на два этапа:
а) вставка записи в нить; производится аналогично КС (но плоскость имен не пересекается)
б) визуализация нити; вот тут можно извращаться различными методами: графически, на флеше с zoom, линками next/prev или методами «etc». На свой вкус.
Только не надо пытаться смешать в один клубок КС и thread — сами же и запутатесь.

«Не хватает важного кусочка — и потерян смысл всей вообще истории, а тот, у кого кусочек на руках, не знает, что ему с ним делать.»
(Маятник Фуко)

Надо сказать, что КС¹ — это простой, но малоэффективный способ классификации. Поэтому взякие извращения (типа древовидных, спиральных, etc) обычно усложняют систему КС, но ожиданий не оправдывают (иначе говоря, сложность СК растет быстрее, чем эффективность).

Большинство СК (систем классификации) занимается тем, что раскладывают записи на кучки (по принципу «чем меньше куча — тем быстрее в ней можно откопать нужное»).
Примерно так:

Как вариант, возможен симбиоз нескольких СК. Какая-то из них для данной выборки окажется более эффективной.

Но обычные СК не группируют контекст и не учитывают динамику (т.е. не видят цепочек типа «поставлена задача»-"возможные пути решения" — «решена вот так»). Требуется система линковки (связывания по контексту/динамике) записей.
Иначе говоря, вместо того чтобы накладывать на систему КС дополнительные уровни, для раскладывания контента по полочкам лучше использовать «альтернативные методы» — вопрос даже не в том, чтобы аккуратно разложить записи по полочкам и кучкам, а в том, чтобы ориентироваться в контенте как рыба в воде — т.е. не только быстро найти нужную запись, но и связанные с ней контекстным вектором. Чудес не бывает, но чем больше возьмет на себя СК, тем лучше для нас.

На этом лирическое вступление можно считать законченным, и пора переходить к более практичным вещам.

Для связывания записей можно использовать:
- намеки (hints) и  ручная настройка привязки
- сотовая классификация
- ассоциативная классификация

Линковку записей проще всего делать нитями. Пользователю достаточно внести имя нити (новую или из списка), в которую попадет эта запись:

Все остальное (в меру сил алгоритма) делает скрипт. В существующей реализации доступны только линейные нити, а перекрестные и паутинные — как-нибудь потом.
Что касается актуальности нитей, то такой вопрос пока не поднимался, но, если что, это вполне решаемо.

[-1]