Все больше склоняюсь к мысли, что наиболее удобным (хотя и более сложным) способом работы с текстами являются слои (layers). В большей степени для чужих текстов, и в меньшей — для своих.

Потому как надо бы куда-то разместить сноски, заметки, комментарии к заметке (второй-третий уровень) дополнительные/альтернативные варианты, xrefs, линки, метаинформация, маркеры, highlighters, появляющиеся при работе с текстом. И все это с привязкой к нужному месту в основном тексте. Теоретически это можно «внедрить» в текст, но практически получается ужас-ужас и дезориентация вплоть до полной нечитаемости получившегося микса.

Поэтому сейчас это решается «разнесением этого всего в пространстве», что, собственно, создает другие неудобства (например, «проматывание» текста до нужной точки с последующим возвратом).
Однако то, что практически невозможно сделать на бумаге, вполне возможно сделать в электронном виде — разнести в пространстве по слоям. Или, иначе говоря, «увеличить глубину текста в перпендикулярном направлении».

ps. А вот софта для работы с текстом и слоями что-то не найти