Get a Mac ;)

Согласен. Эта невозможность делать записки особо больная тема читания технических книжек-пдф — оч.часто хочется пометить какие-нибудь места, оставить закладки итд :(

есть и довольно много разнообразных — фишка Мака именно в том, что вспомогательные программы «прошивают» весь набор программ и работают «везде».

Я лично пользуюсь только небольшим расширениям для почты (которое автоматом ставит 2Do а центральном календаре и группирует почту по ключ-словам), но есть масса глобальных решений (простейший пример — [link])

Более того, в MacOS Leopard подобная фишка уже вшита на системном уровне :)

Такая прорамма, по-моему, есть JetBrains Omea Pro [link] — читает rss? следит за обновлениями фаворитов браузера, за документами, сообщениями мессенджера и news’ами, картинками. Все это можно аннотировать, присваивать категории, ставить флаги, приклеивать ссылки на другие ресурсы, добавлять задачи и т.п. И кушать много памяти :)

«Omea Pro 2.1 replaces tools like your Email Organizer, Desktop Search Utility, RSS Reader, Personal Information Manager, Newsgroup Reader, Task Manager, Contact Manager, Bookmark Manager, and Instant Message History Manager. It can also read your Files in Microsoft Word, Microsoft Excel, Adobe Acrobat, and view your Pictures, in one Integrated Information Environment.»

Так и тянет следом сказать: «Get a Linux»
Единственное, что останавливает — на файлы-то такое лепить можно, а вот насчёт сквозного и во всех программах…
Сомневаюсь.

Не буду ничего советовать… :)