Хотя Google Desktop Search (GDS) может отындексировать все что шевелится индексируется, основная проблема — в программах, которые хранят данные в собственном формате (например, MyBase), но не могут выдать эти данные в формате, пригодном для GDS.
Вариантов на будущее два:
а) GDS начнет поддерживать дополнительные форматы
б) В программы начнут встраивать API для GDS

Второй вариант, понятно, лучше.