С одной стороны, виртуализация «экономит» сервера, позволяя разместить на одном физическом сервере несколько логических (т.е. работающих под VM). Правда, такой сервер должен быть помощнее и поресурснее.
С другой стороны, опыт Гугла показывает, что несколько маломощных серверов (не обязательно объединенных в кластер, но желательно) лучше одного, но мощного.
С одной стороны, путь концентрации и централизации (all-in-one), с другой — децентрализации (unix way: пусть сервер занимается только одной задачей, но занимается ей хорошо).
Но лучший вариант, наверное, это третий — комплексный.