Возьму для примера «Яндекс.Каталог». […] Каталог имеет четкую иерархическую структуру. Вы можете предложить сайт для добавления, но не вы будете заниматься классификацией сайта и помещением его в каталог. Как вы думаете, эффективнее ли было бы использование каталога, если бы он был организован с помощью тегов, при сохранении метода его пополнения? [ >>> ]

В дополнение к уже сказанному, надо заметить, что каталог (особенно иерархический) — это неудобный и неэффективный сервис. Дело в том, что обычному пользователю неинтересно (и нет смысла) ползать по каталогу (углубляясь и путаясь по иерархиям), зачастую предоставляющему неудобную, неочевидную и неполную систему классификации. Пользователя, по большому счету, вообще не интересует некий сводный список ресурсов — ему требуется список ресурсов, затрагивающих необходимую для него тематику и достаточно узкую проблематику. Мало того, пользователя часто вообще не интересует список ресурсов — его интересует вполне конкретная информация. Например, если человеку понадобилось узнать, как открутить колесо на джипе, то он не пойдет в каталог искать сайты/блоги/форумы автомобильной тематики. Он пойдет в Яндекс, в котором «найдется все» и достаточно быстро.
То есть, пользователя больше интересует поиск информации по возможно большему количеству источников, агрегация и рейтингование этой информации и использование механизмов Data Mining. Вместо тупого пролистывания справочника ресурсов.

Это не означает, что каталоги совсем не нужны. Просто у них немного другие задачи, которые большинству пользователей не очень и нужны.
Кстати, добавление возможности представления каталога в flat-модели (т.е. на плоскости) путем добавления tags повышает его (каталога) эффективность. Равно как и экспертно-поисковые механизмы для выборки информации.